《太祖秘史》展现了一代天骄努尔哈赤大情大性的一生，讲述了努尔哈赤和他的女人们的故事。在那个血与火，情与爱的年代，努尔哈赤如一匹奔跑在辽东大地上的孤狼，面对杀父之仇，夺子之痛；众叛亲离，走投无路；终十三甲起兵，统一女真各部，与明朝分庭抗礼，缔造英雄霸业。东哥、佟佳氏、阿巴亥、孟古、那齐娅这五个如清泉一般的绝世美女，用温婉溶化了英雄的铁石心肠，用柔情成就了一代枭雄，但红颜薄命也带给了努尔哈赤此生无可挽回的遗憾，终使英雄郁郁而终………
本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）却陷落匈奴手中，东方朔也一去不复返。历经千难万险寻找李勇下落的秋蝉（刘芸饰），终于在匈奴找到他时却发现他已与匈奴公主成婚。汉武帝微服出游，邂逅长相酷似已逝的陈阿娇的歌伎李娃（何佳怡饰），不禁怜爱有加。不久李娃入宫成为刘彻的新宠。然而已为皇后的卫子夫（宁静饰）却预见陈阿娇的前车之鉴又要重演。汉武帝派汲黯（杨洪武饰）去寻访东方朔，无意间遇见了怀才不遇的狂士主父偃（王刚饰），认为是奇才，遂力荐主父偃入宫辅佐汉武帝。汉武帝听信谗言，将卫青（董勇饰）的兵权交给霍去病（李立饰）。
四个各有抱负，各有希望的旧街坊 ── 宝家成（吕方饰）、李想（吕颂贤饰）、张美真（宣萱饰）及叶绮梦（梅小惠饰），因十八年前的一个约定，在人生中的绝境里重遇，并合力开办了一间名叫「快更妥」公司，目的是为帮助他人达成心中梦想，然而对于自己的那摇不可及的梦想却……
天才女法医谷雨潜入精神疗养院执行伪装侦查任务，不料卧底计划被一起凶杀案破坏，甚至险些被诬陷成为凶手，也因此，谷雨结识了女刑警白鹭。两人的性格水火不容，生活习惯也大不相同，但这个神奇的组合，却屡破奇案，她们从最初的互相牵制到彼此赋能，建立了深厚的友谊。在谷雨和白鹭侦破的一起刑事案件过程中，她们意外发现了失踪的谷雨哥哥的踪迹。而谷雨哥哥的失踪又和白鹭男友的殉职有着千丝万缕的联系，这一切都指向境外制毒团伙。二人的命运被她们深爱着的人紧紧连接在了一起，她们有着共同的目标——找到一切罪恶的源头。她们坚信痕迹之下，必有真相。
美丽的女孩何青青（王茜华 饰）邂逅了知青青年苏卫东（刘钧 饰），两情相悦的两人很快就走到了一起。高考恢复后，这对情侣为了能够考入理想的大学而展开了艰苦的奋斗，最终，苏卫东金榜题名，可何青青却与录取通知书擦肩而过。生活的巨大压力让何青青不得不选择了妥协，她放弃了和苏卫东的感情，转而嫁给了名为赵春来（于震 饰）的残疾青年，虽然赵春来本质善良，但何青青的内心里一直惦记着苏卫东，怀念着他们半途而废的感情。一场可怕的车祸让何青青失去了丈夫，亦失去了唯一的情人何大牛（郭东文 饰），悲痛之余还要承受嫂子赵喜鹊（何翯 饰）的无端诬陷。
经过十几年的打拼，贺立群（冯远征 饰）和田文洁（陈冲 饰）夫妇总算拥有了自己的房子。就在他们乔迁未久之时，立群的哥哥立众（丁霄汉 饰）将母亲送到弟弟这里。此前，贺母一直与立众夫妇居住，立众的老婆邱东兰（梁丹妮 饰）造就受不了这种跟婆婆同在一个屋檐下的日子。刚好贺母崴脚，东兰利用这个机会怂恿丈夫将“包袱”送了出去。 立群夫妇还未正式享受期盼已久的独立生活，贺母的到来便引起轩然大波。在此之后，两代人不同的观念，以及婆媳之间固有的鸿沟不可避免发生碰撞，甚至连文洁的妈妈也搅和进来。鸡毛蒜皮，家长里短，让这些早已为工作疲于奔命的中年人更加难以应付…
朱宣文（完颜洛绒 饰）是衔着金汤匙出生的富二代，在遭遇了一场可怕的车祸后，他似乎是被撞坏了脑袋，竟然坚信自己是从古代穿越回现代的王爷，甚至放弃了家族企业的经营权，在郊外开始搭建王府，彻底过上了悠闲的养老生活。罗开怀（庄达菲 饰）是一名还处在实习期的心理医生，虽然从业时间并不长，但罗开怀的医术了得深受患者们的信赖。然而，在生活里，罗开怀的脑子却一直处于少一根筋的状态，大大咧咧糊里糊涂，生活几乎无法自理，在这样的情况下，罗开怀成为了朱宣文的主治医生。对于罗开怀的“入侵”，朱宣文当然是抵抗到底，但高额的医疗费让罗开怀亦不愿意轻易放弃这个挣钱的机会。
抗战胜利，在上海弄堂长大的法学院高材生顾耀东（李易峰饰）大学毕业后，怀揣着“匡扶正义，保护百姓”的理想，如愿以偿地成为了一名警察。然而，初入职场的顾耀东不仅遭遇了警局同僚的排挤打压，还被卷入进了共产党地下情报网和国民党警察的激烈斗争中。乱世乱局之下，顾耀东亦不得不在正义与非正义的对峙中做出忠于自己信仰的选择。最终，在以夏继成（王泷正饰）与沈青禾（金晨饰）为中坚力量的中共上海地下党警委的帮助和培养下，在革命的征程中成全自己的理想的同时也收获了宝贵的爱情。
生活在繁华大都会的成年男女，各自经历品味着生活中的苦辣酸甜。建筑设计师林筱（马苏 饰）和财务总监唐健（郭涛 饰）离而复合，事业型女性前身心扑在工作上，唐健则当起了全职奶爸，夫妻俩却渐行渐远；瑜伽馆老板于莺（苏岩 饰）将事业和身材放在第一，产后为了恢复身材不惜牺牲孩子的口粮，让丈夫徐知乐（韩青 饰）对她颇为不满；暗恋唐健的王珂怀上了孩子，唐健的好哥们蔡有言（周晓鸥 饰）挺身相助，为了让孩子上上户口而和女孩假结婚。几个人兜兜转转，为了孩子、事业、爱情、家庭、婚姻殚精竭虑。他们为了心中所念不断奔跑，停下来看看时，发现却偏离了方向……
不同于以往的谍战作品，该剧中主要人物的双重间谍身份令人物关系更加错综复杂，故事情节扑朔迷离，是一部令人脑洞大开的新型谍战剧。
1932年江西苏区，国民党对苏区的围困造成物资的极度匮乏，红军为冲破敌人的封锁，在赣县成立了红军海关和贸易局，这成了苏区财政的重要支柱。国民党大特务柯泽，为绞杀苏区经济制定了“铁阵”计划，一夜之间，抓捕了和红军有钨砂贸易来往的商行老板，摧毁了和红军贸易的联络点，扣押大批钨砂和重要物资，还突袭了红军海关。紧急关头，红军团长任远从前线赶到赣县，临危受命，和敌人特务机关针锋相对，重建红军海关，找出内奸，重开钨砂贸易，打破敌人绞杀苏区经济的铁阵!任远挑选了一批年轻的男女红军战士组成行动组，他们有着坚定的信仰，不凡的身手和迥异的个性，在任远的带领下穿插在苏区和白区间，周旋于地方军阀，国民党中央军特务，外国洋行，大商人等人群之中，与敌人斗智斗勇，付出了重大牺牲，最终战胜了敌人，打破了“铁阵”。
百晓山庄”坐落于一片毒瘴密林中，数十年来都是一处神秘禁地。在山庄百晓夜宴到来之际，庄主（姜凯文 饰）竟然神秘失踪。死囚叶礼（管栎 饰）自告奋勇，联合大理寺捕快化乾坤（杨宇斌 饰）一同探案，二人以身入局，却意外掀开了山庄背后的遮天阴谋……
